Pedro González de Hoces (V Señor de la Albaida) en el siglo XV vuelve a reunir numerosas parcelaciones por toda la zona, desde Medina Azahara hasta la Arruzafa. Numerosos ermitaños se localizaban en la falda de Sierra Morena muy próximos a la Ciudad de Córdoba y la familia Hoces cede las tierras de la Arruzafa para la construcción de un convento franciscano. En el siglo XVI la rama recoleta de los franciscanos ocupará el Convento de la Arruzafa.

En el archivo de la Chancillería de Granada se hallan dos mapas realizados en 1619 en los que se detalla el Convento y zonas próximas, que coinciden con la ubicación actual del Parador de Turismo de la Arruzafa (nuestro agradecimiento a esta Chancillería por facilitarme estos documentos). 

El Convento de San Francisco de la Arruzafa estuvo activo hasta la conocida desamortización en el año 1835. Hasta esa fecha hay referencias de monjes, santos y enterramientos relacionadas con el convento y aludiendo siempre el nombre de la Arruzafa o Arrizafa (ver tabla adjunta).

En 1804 se detectaron varios brotes de fiebre amarilla en Andalucía, por lo que en Córdoba se adoptaron las siguientes medidas: "se cerraron las puertas de la ciudad, excepto la del Puente, Rincón y Nueva, y en estas se situaron comisiones de dos personas, un médico que reconociese a los viajeros y un escribano para levantar acta de lo ocurrido cada día. Los individuos sospechosos procedentes de puntos invadidos eran conducidos a los lazaretos". Los enfermos se llevaban a un lazareto llamado de la Arruzafa, que podría corresponderse a determinadas estancias del propio convento.

Durante la Guerra de la Independencia, ante el temor de los saqueos de los franceses en monasterios y parroquias se realiza un inventario detallado de los enseres del Convento de la Arruzafa, que reproducimos parcialmente a continuación:

• "Tres cálices y patenas de plata. Un pomito del santo óleo. Cinco corchetas de plata. Dos rostrillos de plata de dos imágenes. Siete diademas de santos. Dos coronas de dos vírgenes. Otra corona del Niño. Un cinto con diferentes santos de plata. Una corona de espinas. Dos potencias de dos santos Cristos. Un resplandor de un Niño. Una bandeja de plata. Dos llaves de los sagrarios. Un cerco de estrellas de la Purísima Concepción. Una cruz de plata para la mano. Un Señor de plata azotado por los judíos con su peana de lo mismo. Un viso con cerco de plata. Un rostro del Señor de plata. Un cetro y un resplandor. Una jarra con ramo de azucenas. Otro ramo de azucenas separado. Una lámpara grande. Una porción de galones y puntas de oro."

Además de la ropa de la sacristía y del convento se relacionan estos recursos:

• "veinte libras de chocolate. Media arroba de aguardiente. Media arroba de miel blanca. El tocino y jamones de tres cerdos. Treinta arrobas de vino. Ocho o diez arrobas de aceite. Dos orzas de lomo. Una orza de morcillas. Tres pavos y diez gallinas. Cuatro cerdos grandes y cuatro pequeños. Veintisiete carneros."